PST er direkte underlagd Justisdepartementet, og statsråden har det politiske og parlamentariske ansvaret for PSTs verksemd. Det inneber at departementet kontrollerer korleis vi løyser oppgåvene våre, og korleis vi forvaltar budsjettet vårt.
Årsaka til at PST er direkte underlagd Justisdepartementet, er at denne direkte linja sikrar statsråden direkte kontroll med verksemda vår. Også i Sverige, Danmark og Finland , som har ei kombinert politi- og tryggleiksteneste, rapporterer sjefen til justisministeren.
PST har derfor plikt til å halde Justisdepartementet orientert om alle forhold som kan ha innverknad på den indre tryggleiken i riket. I tillegg har vi rapporteringsplikt overfor departementet om administrative forhold, blant anna om korleis vi disponerer dei budsjettmidlane vi får tildelt. Justisdepartementet fører også kontroll med PSTs virke. Kontrollen blir utført ved gjennomgang av skriftlege rapportar og utgreiingar frå PST, og gjennom møte av ulik art. På øvste nivå møter sjefen for Politiets tryggingsteneste jamleg justisministeren for å orientere om viktige forhold og saker.